| 第１代 ベルナルド・タデオ・プチジャン司教 | １８７６年～１８８４年（長崎司教在位１７年）、パリ外国宣教会、享年５５才 |
| 第Ⅱ代 ヨゼフ・ロカイン司教 | １８８４年～１８８５年（長崎司教在位１年未満）、パリ外国宣教会、享年４７才 |
| 第Ⅲ代 ユリオ・アルフォンソ・クザン司教 | １８８５年～１９１２年（長崎司教在位２６年）、パリ外国宣教会、享年６９才 |
| 第４代 ヨハネ・C・コンパス司教 | １９１２年～１９２７年（長崎司教在位１４年）、パリ外国宣教会、享年７０才 |
| 第５代 ヤヌワリオ 早坂久之助司教 | １９２８年～１９３７年（長崎司教在位９年間）、初代 邦人司教、享年76才 |
| 第６代 パウロ 山口愛次郎大司教 | １９３７年～１９６９年（長崎司教在位３２年）、第２代 邦人司教 享年82才 |
| 第７代 ヨゼフ 里脇浅次朗大司教 | １９６９年～１９９０年（長崎司教在位２１年）、第３代 邦人司教 享年89才 |
| 第８代 フランススコ・ザビエル 島本要大司教 | １９９０年～２００１年（長崎司教在位11年）、 第4代 邦人司教、享年70才 |
| 第9代 ヨゼフ 高見三明大司教 | ２００２年～現在 |
